低位肛瘘的手术治疗方法一般采取切开切除术。但肛肠是一个污染带菌部位，若术后处理不好，极易发生创口感染等并发症。
低位肛瘘切开术适用于全部低位肛瘘，包括低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘，以及部分肛管直肠环已纤维化的高位肛瘘。
低位肛瘘的手术方法：一手食指伸入肛内，另一手持探针从外口伸入瘘管，按瘘管走行方向轻轻探查，仔细寻找内口，使探针一端顺利的从内口探出，沿探针切开，并向外延长切口约1cm，然后修剪创缘，使切口成为较平坦的创口，以利于引流。该手术成败的要害，除了彻底敞开瘘管外，还在于准确寻找内口，绝大多数肛瘘内口位于齿线处的肛窦内，有的易于寻找，探针一端能顺利的通过瘘管从内口探出，但有的病例在术中要找到真正的内口也并不是一件轻易的事情。
另外，指检时内口处往往凹陷或有硬结。用有钩探针仔细探查可疑的肛窦口往往变深，有的可深入0.5cm以上，极个别病例，可在肛内置入一块卷好的盐水纱布块，再用1%亚甲蓝溶液从外口注入，如纱布着色，其内口就在纱布着色处相对应的部位。
大连春柳中医肛肠医院是一所集科研、预防、治疗、康复为一体的现代化大型肛肠专科医院，借鉴传统医学之精萃，博采现代医学之精华，中西结合辩证施治，以其专科定位、专家保障、前沿技术、卓越服务在肛肠疾病诊治方面独树一帜。专业治疗痔疮、肛裂、肛瘘、便秘、大便出血等肛肠疾病的专科医院。专科定位、专家保障、前沿技术、卓越服务给无数患者带来健康福音。医院秉承“患者至上、人文服务、贴心周到”的宗旨，实行男女分诊分治；推出“全程导医、无陪护诊疗、个人健康管理系统”等星级服务。
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