低位肛瘘治疗方法有：①清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。②处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。③保留肛管直肠环：肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能。
肛瘘一旦患上就无法自愈必须要经过手术治疗，低位肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
低位肛瘘患者的治疗误区：
对于低位肛瘘的治疗，许多患者由于害怕手术的痛苦，或者对病情心存侥幸，往往选择药物保守治疗，结果却容易越治越重，越治越漏，本来只有一个瘘口却变成了两个三个乃至更多的瘘口，这种现象从根本上说，低位肛瘘的发病是一种“由内而外”的趋势，病灶在于肛管直肠附近，保守治疗只能作用于肛门周围的皮肤，达不到深层病灶。
肛瘘不但无法不治自愈，而且如果刚开始时得不到规范的治疗，还容易出现久治不愈、反复发作的现象。久拖不治的老肛瘘还会存在发生恶变的危险。肛瘘的治疗原则是手术为主，这是医学界公认的事实。因为只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
目前低位肛瘘的治疗一般采用HCPT全电脑多功能肛肠治疗系统。这种治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到周围的组织里面去，就不会形成感染，疼痛，那样才会痊愈。
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